亚马逊河的源头是在安地斯山脉区中一个海拔5597米的奈瓦多·米斯米峰的一条小溪，距离的的喀喀湖约160千米，距利马约700公里，1971年第一次认定，直到2001年才正式确定。溪水先流入劳里喀恰湖，再进入阿普里马克河，阿普里马克河汇入乌卡亚利河，乌卡亚利河再与马腊尼翁河汇合成亚马逊河主干流。 　　从马腊尼翁河的支流瓦利亚加河以下，河流就从安第斯山区进入冲积平原，从这里到秘鲁和巴西交界的雅瓦里河，大约有2400千米的距离，河岸低矮，两岸森林经常被水淹没，只是偶尔有几个小山包，亚马逊河已经进入了亚马逊热带雨林中了。

安第斯山以东，就是亚马逊热带雨林了，这是世界上最大的雨林，具有相当重要的生态学意义，它的生物量足以吸收大量的二氧化碳，近年来保护亚马逊热带雨林已经成为一个重要的论题了，亚马逊热带雨林依靠亚马逊河流域非常湿润的气候，亚马逊河和她的100多个支流缓慢地流过这片高差非常小的平原，河岸旁的巴西城市马瑙斯距离大西洋有1600千米，但海拔只有4米。 　　这个雨林的生物多样化相当出色，聚集了250万种昆虫，上万种植物和大约2千种鸟类和哺乳动物，生活着全世界鸟类总数的五分之一。有的专家估计每平方千米内大约有超过75000种的树木，15万种高等植物，包括有9万吨的植物生物量。